百鸽

「水晶机巧-中枢黑晶」のモンスター効果によって、シンクロ召喚を行う場合、その時のシンクロ素材モンスター（＝質問の状況の場合、「水晶机巧-中枢黑晶」と「文具电子人002」）は全て墓地へは行かず持ち主のデッキに戻ります。

したがって、質問の状況の場合、「文具电子人002」の特殊召喚に成功した場合に発動するモンスター効果の発動を行う事自体ができません。

「水晶阵·潜能」のエンドフェイズに発動する効果は、そのターンに自分がシンクロ召喚に成功した「水晶机巧」と名のついたシンクロモンスターの数だけドローする効果です。
（「水晶阵·潜能」のカードの発動の前にシンクロ召喚された「水晶机巧」と名のついたシンクロモンスターの数も含めて、効果処理が行われます。）

したがって、質問の状況の場合、自分がシンクロ召喚に成功した「水晶机巧」と名のついたモンスターは「水晶机巧-矩阵紫黄晶」、「水晶机巧-量子刚玉」、「水晶机巧-轴子凤凰」の3体となりますので、「水晶阵·潜能」の効果によってエンドフェイズにドローする枚数は3枚になります。

「水晶机巧-矩阵紫黄晶」の『相手フィールドの特殊召喚された表側表示モンスターを全て守備表示にする』モンスター効果は、自身がシンクロ召喚に成功したのであれば、自分のターンだけでなく相手のターンにシンクロ召喚に成功した場合にも発動する事ができ、また、質問の状況のように、チェーン2以降に発動した「水晶机巧-量子白晶」のモンスター効果によってシンクロ召喚に成功した場合にも発動する事ができます。

したがって、質問の状況の場合、一連のチェーンの処理が終了し、「灵魂补充」の効果によって2体のモンスターが相手のモンスターゾーンに特殊召喚された後に、相手のモンスターゾーンに特殊召喚された表側攻撃表示のモンスターが存在しているのであれば、「水晶机巧-矩阵紫黄晶」のモンスター効果を発動する事ができます。
（例えば、この時、相手のモンスターゾーンの「真龙皇 阿耆尼马兹德·消灭」と「真龙皇 巴哈斯督·统领」が2体とも表側攻撃表示で特殊召喚されていたのであれば、「水晶机巧-矩阵紫黄晶」のモンスター効果によって2体とも表側守備表示になります。）

墓地にて発動した「水晶机巧入舱」の効果の対象として選択したモンスターが、効果処理時に裏側守備表示になっている場合、『そのモンスターのレベルと異なるレベルを持つ「水晶机巧」モンスター１体をデッキから墓地へ送る』処理を適用する事はできず、『対象のモンスターのレベルは、墓地へ送ったモンスターのレベルと同じになる』処理も適用されません。
（デッキから「水晶机巧」と名のついたモンスターを選ぶ事もありません。）

「水晶机巧-矩阵黄晶」のモンスター効果によって特殊召喚されたモンスターは効果が無効化された状態で特殊召喚され、その後、機械族のシンクロモンスターをシンクロ召喚する際のシンクロ素材として使用され除外される事になります。

質問の状況の場合、「水晶机巧-矩阵紫黄晶」のシンクロ召喚に成功した際に、「水晶机巧-矩阵紫黄晶」の『①：このカードがS召喚に成功した場合に発動できる。相手フィールドの特殊召喚された表側表示モンスターを全て守備表示にする』モンスター効果と、「共振虫」のモンスター効果を任意の順番でチェーンを組み、発動する事ができます。

除外された「共振虫」は、「水晶机巧-矩阵黄晶」のモンスター効果によってモンスター効果が無効化されていない状態となりますので、『デッキから「共振虫」以外の昆虫族モンスター１体を墓地へ送る』処理は通常通り適用される事になります。