百鸽

「水晶机巧-矩阵黄晶」のモンスター効果によって特殊召喚されたモンスターは効果が無効化された状態で特殊召喚され、その後、機械族のシンクロモンスターをシンクロ召喚する際のシンクロ素材として使用され除外される事になります。

質問の状況の場合、「水晶机巧-矩阵紫黄晶」のシンクロ召喚に成功した際に、「水晶机巧-矩阵紫黄晶」の『①：このカードがS召喚に成功した場合に発動できる。相手フィールドの特殊召喚された表側表示モンスターを全て守備表示にする』モンスター効果と、「共振虫」のモンスター効果を任意の順番でチェーンを組み、発動する事ができます。

除外された「共振虫」は、「水晶机巧-矩阵黄晶」のモンスター効果によってモンスター効果が無効化されていない状態となりますので、『デッキから「共振虫」以外の昆虫族モンスター１体を墓地へ送る』処理は通常通り適用される事になります。