百鸽

「同归于尽」の効果処理時に、自分または相手のどちらかのプレイヤーの手札が2枚以下になっている場合でも、『お互いは手札を全て好きな順番でデッキの下に戻し、自分はこの効果でお互いがデッキに戻したカードの数×３００LPを失う。その後、お互いはデッキから５枚ドローする』処理は通常通り適用されます。
（手札が2枚以下になっているプレイヤーも処理を行う事になります。）

また、「同归于尽」の効果処理時に、自分または相手のどちらかのプレイヤーの手札が0枚になっている場合でも、『お互いは手札を全て好きな順番でデッキの下に戻し、自分はこの効果でお互いがデッキに戻したカードの数×３００LPを失う。その後、お互いはデッキから５枚ドローする』処理は通常通り適用されます。
（手札が0枚になっているプレイヤーも処理を行う事になります。）

なお、「同归于尽」の効果処理時に、どちらのプレイヤーの手札も0枚となっている場合には、『お互いは手札を全て好きな順番でデッキの下に戻し、自分はこの効果でお互いがデッキに戻したカードの数×３００LPを失う。その後、お互いはデッキから５枚ドローする』処理は適用されません。

「神殿守卫者」の効果が適用されている場合、自分も相手も「同归于尽」を発動する事はできません。

また、「同归于尽」の効果処理時に、「神殿守卫者」が特殊召喚されている場合、『お互いは手札を全て好きな順番でデッキの下に戻し、自分はこの効果でお互いがデッキに戻したカードの数×３００LPを失う』処理は、通常通り適用されます。
なお、『その後、お互いはデッキから５枚ドローする』処理については、「神殿守卫者」をコントロールしているプレイヤーは通常通り5枚のカードをドローしますが、「神殿守卫者」の『このカードがフィールド上に表側表示で存在する限り、相手プレイヤーはドローフェイズ以外ではカードをドローする事ができない』効果が適用されているプレイヤーは1枚もカードをドローする事ができません。

「同归于尽」の効果処理時に、自分または相手のどちらかのプレイヤーのデッキが4枚以下になっている場合でも、『お互いは手札を全て好きな順番でデッキの下に戻し、自分はこの効果でお互いがデッキに戻したカードの数×３００LPを失う。その後、お互いはデッキから５枚ドローする』処理は通常通り適用されます。
（デッキが4枚以下になっているプレイヤーも処理を行う事になります。）

なお、『お互いは手札を全て好きな順番でデッキの下に戻し』の処理を行っても、デッキのカードが4枚以下のプレイヤーは『お互いはデッキから５枚ドローする』処理で5枚のカードをドローできませんので、デュエルに敗北する事になります。

「手札对换」の効果によって、自分の手札に元々の持ち主が相手のカードがある場合でも、「同归于尽」を発動する事はできます。

『お互いは手札を全て好きな順番でデッキの下に戻し』の処理の際に、手札のカードは、それぞれ持ち主のデッキの下に戻す事になります。
（したがって、「手札对换」の効果で自分の手札に加わっている相手のカードは相手のデッキの下に戻します。）

まず、『お互いは手札を全て好きな順番でデッキの下に戻し』によってお互いのプレイヤーはそれぞれ手札を自分のデッキの一番下に戻します。
（質問の状況の場合、ターンプレイヤーである自分が、3枚の手札を好きな順番で自身のデッキの下に戻します。次に、相手プレイヤーが、5枚の手札を好きな順番で自身のデッキの下に戻します。）

次に、『自分はこの効果でお互いがデッキに戻したカードの数×３００LPを失う』処理を行い、「同归于尽」を発動したプレイヤーはライフポイントを失います。
（質問の状況の場合、自分と相手で合計8枚のカードをデッキに戻していますので、2400のライフポイントを自分が失います。）

最後に、『その後、お互いはデッキから５枚ドローする』処理によって、お互いにデッキからカードを5枚ドローします。

「同归于尽」の『お互いは手札を全て好きな順番でデッキの下に戻し、自分はこの効果でお互いがデッキに戻したカードの数×３００LPを失う』処理が行われ、自分のライフポイントが0になるような場合でも、「同归于尽」を発動する事はできます。
（質問の状況のように、相手の手札が5枚、自分の手札が3枚の状態で、残りライフポイントが2000である自分が「同归于尽」を発動し処理を行った場合、2400のライフポイントを失う事になりますので、自分がデュエルに敗北する事になります。）

また、「同归于尽」を発動し、『お互いは手札を全て好きな順番でデッキの下に戻し、自分はこの効果でお互いがデッキに戻したカードの数×３００LPを失う』処理によって、自分のライフポイントが0になる場合、その時点でデュエルの勝敗が決定しますので、『その後、お互いはデッキから５枚ドローする』処理は行われません。