百鸽

「恩底弥翁的统领」の『自分のEXデッキの表側表示の魔力カウンターを置く事ができるモンスター１体とPゾーンのこのカードを特殊召喚し、その２体に魔力カウンターを１つずつ置く』ペンデュラム効果の処理時に、「恩底弥翁的统领」自身が破壊されている場合には、効果処理は適用されません。
（モンスターは1体も特殊召喚されません。）

質問の状況のように、モンスターゾーンに裏側守備表示で存在し、魔力カウンターが置かれていない状態の「恩底弥翁的统领」が破壊された場合でも、その破壊された「恩底弥翁的统领」のモンスター効果を発動する事ができます。

その場合、『このカードを自分のPゾーンに置く』処理は適用されますが、破壊された「恩底弥翁的统领」に魔力カウンターは置かれていませんので、『その後、このカードに置かれていた数だけ魔力カウンターをこのカードに置く』処理は適用されません。

「恩底弥翁的统领」の『自分のEXデッキの表側表示の魔力カウンターを置く事ができるモンスター１体とPゾーンのこのカードを特殊召喚し、その２体に魔力カウンターを１つずつ置く』ペンデュラム効果は、自分のペンデュラムゾーンの「恩底弥翁的统领」自身と、自分のエクストラデッキに表側表示で存在する魔力カウンターを置く事ができるペンデュラムモンスター2体を同時に特殊召喚する効果となります。

質問の状況の場合、3体の「扰乱衍生物」が自分のメインモンスターゾーンに特殊召喚された事で、空いている自分のモンスターゾーンが1ヵ所となっている状態で、「恩底弥翁的统领」のペンデュラム効果の処理が行われる事になりますので、特殊召喚の処理は行われません。
（「恩底弥翁的统领」自身はペンデュラムゾーンに残り、エクストラデッキの表側表示の魔力カウンターを置く事ができるモンスターを選ぶ事もありません。）

質問の状況のように、「奈落的落穴」の効果によって破壊され除外された「恩底弥翁的统领」も、モンスターゾーンで破壊されていますので、その「恩底弥翁的统领」の『このカードを自分のPゾーンに置く。その後、このカードに置かれていた数だけ魔力カウンターをこのカードに置く』モンスター効果を発動する事ができます。

質問の状況のように、「魔导耀士 破晓者」のリンク先となる2ヵ所のメインモンスターゾーンに2体の魔法使い族モンスターが同時に特殊召喚された場合でも、『このカードに魔力カウンターを１つ置く』モンスター効果は1度のみ発動し、置かれる魔力カウンターの数も1つのみとなります。

質問の状況のように、「恩底弥翁的统领」の攻撃宣言の際に、『①：このカードの攻撃宣言時に発動できる。このカードに魔力カウンターを１つ置く』モンスター効果を発動したのであれば、チェーンして発動した「魔法筒」の効果によって「恩底弥翁的统领」の攻撃が無効になっている場合でも、魔力カウンターを置く処理は通常通り適用されます。