百鸽

魔法・罠カードの効果が発動した時に発動する「创圣魔导王 恩底弥翁」のモンスター効果が処理される際に『自分フィールドの魔力カウンターが置かれているカード１枚』として、魔力カウンターが置かれている融合・シンクロ・エクシーズ・リンクモンスターを選ぶ事はできます。

その場合、その融合・シンクロ・エクシーズ・リンクモンスターは手札ではなくエクストラデッキに戻りますので、『その発動を無効にし破壊する』処理は適用されず、『その後、手札に戻したそのカードに置かれていた数だけ魔力カウンターをこのカードに置く事ができる』処理も適用されません。

「恩底弥翁的统领」の『自分のEXデッキの表側表示の魔力カウンターを置く事ができるモンスター１体とPゾーンのこのカードを特殊召喚し、その２体に魔力カウンターを１つずつ置く』ペンデュラム効果は、自分のペンデュラムゾーンの「恩底弥翁的统领」自身と、自分のエクストラデッキに表側表示で存在する魔力カウンターを置く事ができるペンデュラムモンスター2体を同時に特殊召喚する効果となります。

質問の状況の場合、3体の「扰乱衍生物」が自分のメインモンスターゾーンに特殊召喚された事で、空いている自分のモンスターゾーンが1ヵ所となっている状態で、「恩底弥翁的统领」のペンデュラム効果の処理が行われる事になりますので、特殊召喚の処理は行われません。
（「恩底弥翁的统领」自身はペンデュラムゾーンに残り、エクストラデッキの表側表示の魔力カウンターを置く事ができるモンスターを選ぶ事もありません。）

質問の状況のように、「魔导耀士 破晓者」のリンク先となる2ヵ所のメインモンスターゾーンに2体の魔法使い族モンスターが同時に特殊召喚された場合でも、『このカードに魔力カウンターを１つ置く』モンスター効果は1度のみ発動し、置かれる魔力カウンターの数も1つのみとなります。