百鸽

「恩底弥翁的统领」の『自分のEXデッキの表側表示の魔力カウンターを置く事ができるモンスター１体とPゾーンのこのカードを特殊召喚し、その２体に魔力カウンターを１つずつ置く』ペンデュラム効果は、自分のペンデュラムゾーンの「恩底弥翁的统领」自身と、自分のエクストラデッキに表側表示で存在する魔力カウンターを置く事ができるペンデュラムモンスター2体を同時に特殊召喚する効果となります。

質問の状況の場合、3体の「扰乱衍生物」が自分のメインモンスターゾーンに特殊召喚された事で、空いている自分のモンスターゾーンが1ヵ所となっている状態で、「恩底弥翁的统领」のペンデュラム効果の処理が行われる事になりますので、特殊召喚の処理は行われません。
（「恩底弥翁的统领」自身はペンデュラムゾーンに残り、エクストラデッキの表側表示の魔力カウンターを置く事ができるモンスターを選ぶ事もありません。）

「魔导战士 破坏者」の『①：このカードが召喚に成功した場合に発動する。このカードに魔力カウンターを１つ置く（最大１つまで）』モンスター効果が無効化されている場合には、魔力カウンターを置く事ができるカードとして扱われませんので、「恩底弥翁的十字军」のモンスター効果の対象として、選択する事自体ができません。