百鸽

「墓穴的指名者」の効果でモンスターが除外された場合、そのモンスターと元々のカード名が同じモンスターのモンスター効果が無効化されます。

「光子轨道」を「墓穴的指名者」の効果で除外した場合、モンスター効果については無効化されます。ただし、装備されている状況で発動・適用する効果（装備魔法カードとしての効果）についてはモンスター効果として適用される効果ではありませんので、無効化されることはありません。

具体的には以下の状況になります。

●①の効果の処理時に、「光子轨道」を除外した「墓穴的指名者」の効果が適用されている場合、『自分の手札・フィールドからこのモンスターを攻撃力５００アップの装備カード扱いとしてその自分のモンスターに装備する』効果は無効化されます。
●既に①の効果で「光子轨道」が装備されている状況で、「光子轨道」を除外した「墓穴的指名者」の効果が適用された場合でも、引き続き装備モンスターは攻撃力が５００アップし、戦闘では破壊されません（これは装備魔法カードの効果として適用していますので、「墓穴的指名者」では無効化されません）。
●②の効果の処理時に、「光子轨道」を除外した「墓穴的指名者」の効果が適用されている場合でも、『デッキから「光子轨道」以外の「光子」モンスターまたは「银河」モンスター１体を手札に加える』処理は行われます（これは装備魔法カードの効果として発動・適用しますので、「墓穴的指名者」では無効化されません）。

「银河天翔」の効果処理時に、対象として選択した「光子」と名のついたモンスターと、同じレベルの「银河」と名のついたモンスター、その2体を同時に特殊召喚する効果です。

質問の状況のように、空いている自分のメインモンスターゾーンが1ヵ所のみの場合、2体を特殊召喚する事ができませんので、効果処理は適用されません。
（対象のモンスターは墓地に残り、デッキからモンスターを選んで特殊召喚する処理も行いません。）