百鸽

質問の状況のように、「不知火流 燕之太刀」の効果処理時に、デッキに「不知火」と名のついたモンスターが存在しなくなっている場合でも、『そのカードを破壊する』処理は行われます。

なお、この場合、『その後、デッキから「不知火」モンスター１体を除外する』処理は適用されませんので、『そのカードを破壊する』処理にて処理が完了した扱いとなります。