百鸽

「DDD 坏薙王 深渊末日神」のペンデュラム効果は『そのモンスターを特殊召喚し』の処理と、『自分は１０００ダメージを受ける』処理が同時に行われる扱いとなります。（『このターン、相手が受ける戦闘ダメージは半分になる』効果も適用されます。）

「DDD 神托王 达克」の『①：このカードがモンスターゾーンに存在する限り、自分にダメージを与える効果は、自分のLPを回復する効果になる』モンスター効果は永続効果ですので、質問の状況の場合、「DDD 神托王 达克」が特殊召喚に成功した後に適用される事になります。

したがって、この場合、「DDD 坏薙王 深渊末日神」のペンデュラム効果によって『自分は１０００ダメージを受ける』処理は通常通り、ダメージとして処理を行う事になります。（「DDD 神托王 达克」のモンスター効果によって回復する事はありません。）