百鸽

墓地にて発動した「光虫异变」の『自分フィールドの全ての昆虫族・レベル３モンスターのレベルはターン終了時まで、除外したXモンスターのランクと同じ数値のレベルになる』効果が適用されるのは、その効果処理時に自分のモンスターゾーンに表側表示で存在していた昆虫族・レベル3のモンスターのみとなります。

したがって、質問の状況の場合、『自分フィールドの全ての昆虫族・レベル３モンスターのレベルはターン終了時まで、除外したXモンスターのランクと同じ数値のレベルになる』効果は結果的に適用されませんが、『この効果の発動後、ターン終了時まで自分は昆虫族モンスターしか特殊召喚できない』効果は適用される事になります。