百鸽

質問の状況のように、相手のモンスターゾーンに存在するモンスターがモンスタートークンのみの場合でも、「时械神祖 武加大」自身が戦闘を行ったのであれば、ダメージステップ終了時に、『相手フィールドのモンスターを全て除外する。この効果の発動後、ターン終了時まで相手が受ける戦闘ダメージは半分になる』モンスター効果を発動する事はできます。

結果的にモンスタートークンはフィールドを離れた事で消滅しますが、『この効果の発動後、ターン終了時まで相手が受ける戦闘ダメージは半分になる』処理も通常通り適用されます。

なお、そのターンのエンドフェイズには、「时械神祖 武加大」の『③：このカードの②の効果を発動したターンのエンドフェイズに発動する。その効果で自分が除外したモンスターを可能な限り相手フィールドに特殊召喚する』モンスター効果が発動し、チェーンブロックが作られますが、モンスタートークンが相手フィールドに特殊召喚される事はありません。